Les développements sont moins flamboyants sur la partie fluviale que ferroviaire. En fait, le port de Hambourg se trouve face à deux défis pour améliorer sa desserte. Le premier est celui de la cohabitation entre des navires fluviaux et des hauturiers toujours plus gros. Elle complique la gestion du trafic dans les canaux du port et influe également sur la taille des quais et les infrastructures de déchargement moins polyvalentes.
La seconde problématique-concerne l’amélioration des voies fluviales vers Hambourg. En effet, les capacités de l’ascenseur à bateaux de Scharnebeck (38 m de hauteur), placé sur le Canal latéral à l’Elbe, soit à environ 60 km du port de Hambourg, atteignent leur limite. Avec une capacité d’accueil de transport de 100 m maximum, le 2e plus gros ascenseur d’Europe, est devenu un vrai goulet d’étranglement. Et pourtant, le canal « irrigue » des centres industriels tels que Hanovre, Brunswick, Salzgitter ou encore Wolfsburg. Des travaux d’aménagement sont prévus dont un nouvel ascenseur. Cofinancé par l’État fédéral, il devrait être opérationnel à l’horizon 2025. À terme, la cible fixée par le Port de Hambourg est d’assurer 5 % du transport conteneurs.