En 2009, le tonnage manutentionné sur les quais tunisiens s’est élevé à 28,3 Mt, d’après les chiffres de l’Office de la marine marchande et des ports (OMMP). 2009 s’inscrit dans la moyenne de ces dernières années, exception faite de 2008, marquée d’un trafic de 31,1 Mt. Ensemble, les deux ports de Tunis, La Goulette et Radès, totalisent un volume de 6,2 Mt. Viennent ensuite le port pétrolier de La Skhira (5,9 Mt) et ceux de Bizerte (4,7 Mt), Sfax (4,6 Mt) et Gabès (4,1 Mt). Le système portuaire tunisien comprend également deux autres ports, Sousse (1,8 Mt) et Zarzis (1 Mt).
En matière de trafic conteneurisé, l’essentiel de l’activité est concentré à Radès. Sur les 418 700 EVP manutentionnés dans les ports tunisiens en 2009, 377 000 EVP l’ont été à Radès. Dans ce port, le trafic a presque doublé en dix ans (201 600 EVP en 1999). Radès arrive également en première position pour les unités roulantes: en 2009, ce trafic a représenté au total 110 000 unités; Radès en a vu passer 88 500, le solde (21 000) étant traité à La Goulette. Ce dernier port est aussi le lieu d’escale des ferries. Aussi, La Goulette a dénombré en 2009 un total de 714 500 passagers et 268 100 voitures, des niveaux records pour le port tunisien.
En ce qui concerne la France, l’essentiel des échanges avec la Tunisie passe par Marseille. Le réseau de liaisons régulières entre Marseille et les ports tunisiens (essentiellement Radès et La Goulette) est très développé. Marseille accueille en particulier la liaison Ro-Ro de Cotunav (3 escales hebdomadaires), le service Ro-Ro de LD Lines et CMA CGM (3 escales/semaine) et la relation conteneurs de Marfret (3 escales/semaine). La SNCM et Cotunav proposent également des liaisons par car-ferry (entre Marseille et La Goulette, mais aussi au départ de Gênes). Il existe également d’autres lignes reliant la France et la Tunisie. Début juillet 2010 a été paraphé à Marseille un protocole d’accord pour l’autoroute de la mer Marseille – Radès. « Ce partenariat implique près de 20 partenaires dont le ministère du Transport de Tunisie, l’autorité portuaire de Marseille Fos ainsi que les Douanes des deux pays », expliquait le Grand port maritime de Marseille à cette occasion.
En matière de flotte marchande, la Cotunav (Compagnie Tunisienne de Navigation) dispose actuellement d’une flotte constituée de deux car-ferries, quatre rouliers (dont deux acquis en 2010, les Amilcar et Elyssa) et un vraquier (l’El-Kef).