Tout avait pourtant bien démarré pour le projet stratégique du port de Nantes/Saint-Nazaire, étape importante de la réforme portuaire. Après deux semaines de grève, deux accords avaient été signés entre la direction du port et la CGT, les 18 et 20 mars 2009. Le port ligérien était même le premier Grand port maritime à signer ces accords.
Mais, pour Dominique Bussereau, le secrétaire d'État chargé des transports, ces accords sont apparus comme « non conformes à la loi du 4 juillet 2008 ». Résultat, François Marendet, président du directoire, a été débarqué. Sur la place portuaire, ce fut un tollé de protestations : Pierre Guénant, président du Conseil de surveillance du port, a démissionné. La CGT a jugé « cette décision unilatérale scandaleuse et inadmissible ». Les élus ligériens se sont également élevés contre la « démission » de François Marendet, remplacé par Yves Gauthier.
Les négociations ont ensuite été reprises occasionnant un gros retard pour la mise en place de la réforme portuaire. Le projet stratégique a finalement été voté le 12 juin par le conseil de surveillance, après l'avis favorable du Conseil de développement. Ce qui a permis de mettre en route les négociations avec les opérateurs. Le dossier sur ces tractations doit être remis à la commission nationale d'évaluation des offres, trois mois après le vote du projet stratégique. Ce sera donc le 12 septembre. La commission rendra ensuite son verdict.
