Pasajes a été l'un des ports espagnols les plus touchés par la crise avec une baisse de trafic de 26,3 % en 2009 à 3,52 Mt, un chiffre qui ramène l'activité au niveau de 1996. Il convient de rappeler qu'en 2003, le port avait frôlé la barre symbolique des 6 Mt. Port industriel par excellence, il paie lourdement le prix de sa dépendance à l'égard de l'industrie lourde et de l'automobile.
Le recul de 2009 s'explique principalement par la fermeture de l'usine d'Arcelor pendant les trois quarts de l'année passée. Les entrées de ferrailles se sont effondrées de 42 % à 775 000 t. Le recul a été moins prononcé pour les produits sidérurgiques (-15,6 %), qui sont restés le premier poste (41 % du trafic, 1,41 Mt). Le trafic de charbon et de coke a également baissé, de 21 % à un peu plus de 300 000 t.
La série noire se poursuit avec les automobiles (3e poste, 9 % du total) qui ont enregistré un net recul, de 28,8 % avec 223 000 véhicules. Il s'agit principalement des expéditions de voitures Opel en provenance de l'usine de Figueruelas près de Saragosse : au total 157 000 unités (si on inclut les débarquements), soit 70 % du total ro-ro du port. En revanche, le port a affiché de bons résultats pour les céréales (+41,5% à 215 000 t) et le bois (+39,1% à 62 000 t).