En 2009, le trafic du port de Bilbao a subi le contrecoup de la crise avec une baisse du trafic de 17 % à 31,6 Mt. Les différentes catégories de trafic enregistrent des reculs : marchandises diverses, -28 % ; conteneurs, -22,5 % ; vracs secs , -27 % ; vracs liquides, -11 %. Pour autant, l'Autorité portuaire de Bilbao (APB) estime que la reprise est en cours avec une hausse du trafic de 8 % en janvier 2010 et qu'il y a de « bonnes perspectives » pour les produits sidérurgiques, les ferrailles et les diverses.
L'APB considère qu'il est important en période de crise d'identifier de nouvelles opportunités d'affaires et de continuer à investir. Le passage en septembre 2009 de trois à cinq départs par semaine sur la ligne Bilbao-Zeebrugge de Transfennica a contribué à une hausse de 51 % du trafic de conteneurs avec la Belgique et de 86 % pour les marchandises conventionnelles. Le port estime qu'il est bien placé dans le transport maritime de courte distance et va oeuvrer pour attirer de nouvelles lignes. Le budget d'investissement de l'APB pour 2010 est de 42,5 M¤, soit un montant presque similaire à celui de 2009 (47 M¤). En 2010-2011, deux nouveaux quais seront terminés (AZ-1 et A3), soit 528 000 m2 supplémentaires et 1 254 m de ligne de quai.
