Le chantier ferroviaire dans lequel va se lancer le Grand port maritime de Marseille (GPMM) va nécessiter « entre 250 M¤ et 300 M¤ dans les dix années à venir ». Il vise à faire passer la part modale du transport ferré de 13,7 % en 2008 à 30 % en 2013, d'après les objectifs gouvernementaux. Pour atteindre cet objectif, une part importante des 110 km du réseau ferré portuaire doit être modifiée.
À l'Ouest, 60 km de voies qui desservent l'ensemble des bassins de Fos vont venir s'ajouter au réseau géré par le GPMM. Oubliée lors du transfert de RFF au GPMM en septembre 2008, cette véritable épine dorsale ferrée permettra « d'assurer la totale cohérence de la zone industrialo portuaire de Fos ». Le passage à une signalisation automatique devrait doubler le trafic en faisant passer la circulation de 21 trains/jour à 30-60 trains/jour. L'ajout de 2 voies sur le faisceau du pôle conteneur de Graveleau à Fos s'inscrit dans la perspective de croissance dessinée par la prochaine mise en opération de Fos 2XL. L'impulsion donnée au fer sera poursuivie par l'accomplissement de projets de terminaux de transport combiné sur les terminaux à conteneurs du port ainsi que sur le site pétrochimique de Lavera.
Sur les bassins marseillais, le projet à l'étude de terminal d'autoroute ferroviaire vise le trafic de remorques (Roro) dans les bassins de Marseille. Plus largement, une reconfiguration de la plate-forme portuaire devrait s'opérer avec une possible cession des 40 ha de la gare du Canet et un renforcement de celle de Mourepiane (conteneurs).
« Un appel à projets pourrait ainsi être lancé dans les prochains mois pour Marseille Mourepiane tandis que des études devraient débuter pour Fos Graveleau et pour le terminal d'autoroute ferroviaire sur les bassins de Marseille ». Le Directoire du GPMM a devant lui encore beaucoup d'études à réaliser, et « une programmation reste à définir avec un financement précis pour chacune de ces actions ». Avant que le premier coup de pioche significatif de ce chantier résonne, l'établissement public devra également trouver et installer un Opérateur ferroviaire de proximité « à l'horizon 2010, conformément aux recommandations exprimées dans l'engagement national pour le fret ferroviaire ». Une tâche en apparence plus simple puisque, vu leur nombre, les candidats ne vont pas se bousculer au portillon.
