Le trafic du port de Bilbao a subi le contrecoup de la crise économique espagnole. Les chiffres publiés par l’Autorité portuaire font état de 37,98 Mt en 2008, en baisse de 1,15 % mais les données de janvier 2009 indiquent un recul de 25 %. Le trafic de conteneurs est resté stable à 557 345 EVP (+ 0,5 %) et le chiffre en tonnes indique une hausse de 4 % à 6,1 Mt. Les vracs solides affichent − 9,7 % à 5,27 Mt, alors que les vracs liquides enregistrent une progression de 1,7 % à 23,1 Mt. Celle-ci s’explique principalement par la hausse des importations de gaz naturel liquéfié de 26,6 % (3,7 Mt). Les principales baisses de trafics concernent le charbon (− 33 %), en raison de la moindre activité de la centrale thermique de Pasajes ainsi que le ciment-clinker (− 31 %). Le gazole et les produits sidérurgiques enregistrent des replis de 17 % et de 11 % respectivement.
Le trafic avec la Belgique a enregistré une hausse de 258 % à 189 091 t. C’est la conséquence de l’ouverture de la ligne vers Zeebrugge assurée par Transfennica. L’introduction d’un « ecobono », par le gouvernement basque, pendant le dernier trimestre de 2008 a donné un coup de fouet à la seule ligne de Transport martime sur courte distance depuis l’Espagne avec le continent européen sur la façade atlantique conjointement avec Vigo Saint-Nazaire.