Le ministre d’État, Jean-Louis Borloo, lors de sa venue aux journées parlementaires des Verts à Nantes en septembre 2007, avait proposé à Gilles Denigot, conseiller général vert dans la majorité du département de la Loire-Atlantique, de faire partie d’une commission spécifique pour faire aboutir une gare maritime dévolue à l’autoroute de la mer. « Mais force est de constater que rien ne se passe… », écrit Gilles Denigot dans une lettre ouverte adressée au ministre, et à ses ministres de tutelle, Nathalie Kosciusko Morizet et Dominique Bussereau.
Dans ce même courrier, le conseiller général, revient sur le projet d’extension du port sur la zone humide de Donges-Est (500 m de quais, 50 ha de terre-plein, ndlr). Il estime que ce projet ne tient pas économiquement « car avec un tirant d’eau faible pour une extension vers l’amont du fleuve alors que tous les ports le font vers la mer et dans un port où les espaces doivent être mieux optimisés ».
Gilles Denigot ajoute « qu’il serait bon, que vous puissiez annoncer officiellement l’aspect incompatible entre les décisions du Grenelle de l’environnement et ce projet qui paralyse toutes les réflexions possibles pour vraiment développer le port et le bassin d’emploi de façon harmonieuse et durable, et qui est également contraire aux directives européennes acceptées par les États membres de l’union ».