La direction du port a conclu des accords avec sept entreprises portant sur la construction d’usines de biocarburants. Elle entend se conformer le plus tôt possible à la réglementation européenne rendant obligatoire l’addition de 5,75 % de biocarburants à l’essence et au carburant diesel à partir de 2010, afin de limiter les émissions de CO2. Sur sept usines prévues, cinq produiront du biodiesel et deux du bioéthanol. Les deux usines de bioéthanol représenteront 10 % de la capacité de l’Union européenne en 2008 et celles de biodiesel 25 %. L’Union européenne occupe les premières places mondiales pour la production et la consommation de biodiesel avec une capacité estimée à 8 Mt en 2007-2008, les États-Unis n’en produisant qu’environ 2 Mt. La capacité de production de bioéthanol est estimée à 6,5 Mt pour l’UE et 32 Mt pour le reste du monde.
À Rotterdam, le site de Pernis accueillera les usines de biodiesel Dutchbiodiesel (250 000 t de capacité annuelle) et Wheb Biofuels (400 000 t), le site de Botlek celles de Biopetrol (biodiesel, 400 000 t) et BER (bioéthanol, 110 000 t), le site d’Europoort celle d’Abengoa (bioéthanol, 450 000 t) et une non encore dénommée (biodiesel, 500 000 t) et enfin le Maasvlakte une dont les particularités ne sont pas encore connues. Un réseau de pipes permettra de mélanger facilement les composants organiques avec l’essence et le carburant diesel produits par les raffineries existantes. Les matières premières des biocarburants consistent en graines de colza et de chou, céréales, noix de palme, fèves de soja, sucre de canne et noix de jatropha.
Le port de Rotterdam entend profiter de l’acheminement à bon marché, par de grands navires, des matières premières d’Asie, d’Afrique, du continent américain et d’Espagne. D’autres matières premières arrivent d’Europe centrale, d’Allemagne et de France par voie d’eau et la ligne ferroviaire Betuwe, qui reliant le port à la frontière allemande. Enfin, les produits dérivés de la fabrication de biodiesel, comme la glycérine, seront vendus à l’industrie chimique. Ultérieure-ment, les biocarburants seront fabriqués à partir de copeaux de bois, tiges de plantes et troncs d’arbres, dans des usines dites de deuxième génération et prévues dans les années à venir. « Nous renforçons ainsi notre position comme le plus important port européen pour l’énergie, a déclaré Hans Smits, directeur général de l’Autorité portuaire, les avantages économiques directs nécessitent un investissement initial d’environ 1,5 Md€ dans les biocarburants. »