Le Secrétariat permanent pour la prévention de la pollution industrielle (S3PI) Flandres Littoral et le réseau de mesure Atmo Nord-Pas-de-Calais s’intéressent aux nuisances provoquées par le trafic des ferries. L’étude publiée en février 2006 était rassurante: "Les concentrations maximales en polluants, imputables aux ferries en escales, calculées en moyennes annuelles […] sont inférieures aux valeurs réglementaires françaises ainsi qu’aux recommandations de l’OMS." Le port reste néanmoins sous la surveillance du réseau Atmo.
Le président du directoire de SeaFrance, Eudes Riblier, relativise en rappelant que la pollution est davantage due au nombre des camions qu’aux ferries eux-mêmes. Le prochain navire commandé par la compagnie visera toutefois la labellisation Cleanship. Les dernières évolutions seront appliquées au complexe de motorisation, sans pour autant inclure de cycle combiné (récupération des gaz pour production de vapeur), impropre à une exploitation "trop hachée", juge Eudes Riblier. Dans le même temps, Eurotunnel, utilisateur d’électricité en majorité nucléaire, médiatise la charte de partenariat "planète gagnante" signée le 20 septembre dernier avec l’Ademe.
