Le Port autonome de Marseille (PAM) gère un territoire sensible avec la zone industrialo-portuaire de Fos. On se souvient encore de l’opposition des écologistes à la construction du terminal GDF2 ou de l’incinérateur de Marseille-Métropole sur le site duquel la découverte de lys maritimes a retardé un moment le chantier. Plus près de nous, le creusement d’un chenal de 3,5 km de long entre la darse 2 et le canal du Rhône soulève déjà des objections de certains défenseurs de la nature. En adoptant un "plan de gestion d’espaces naturels" qui vise à structurer et planifier sur cinq ans des actions de préservation et de mise en valeur de 3 000 ha parmi les 10 000 que compte la ZIP, la direction du PAM souhaite visiblement redorer son blason vert.
Ce plan vise, selon elle, "la sanctuarisation des secteurs à haute valeur écologique et de mener une politique responsable d’aménageur-gestionnaire de milieux naturels complémentaire au développement de ses activités portuaires et industrielles". Les quelque 88 actions programmées seront pour la plupart financées sur fonds propres du PAM qui y consacrera quelque 3,5 M€.
Un des objectifs prioritaires sera la conservation d’espèces rares ou menacées avec par exemple la préservation des sites de nidification des sternes naines (oiseaux) sur le They de la Gracieuse à Port-Saint-Louis où la pose de passes favorisant la reproduction des anguilles. Afin de préserver la biodiversité des zones humides, le plan envisage également la préservation des marais du Tonkin. Ce site hébergeant une ancienne pompe à feu sera transformé dès 2009 en pôle d’accueil pédagogique ouvert au public. Enfin, il s’attache à maintenir les activités traditionnelles contribuant à l’entretien des espaces naturels comme les manades ou à sauvegarder le patrimoine bâti à l’image de la restauration de la bergerie de la Favouillane, inscrite à la liste des monuments classés.