Alors que la SNCM et la CMN s’apprêtaient à démarrer le 1er mai leur service de délégation de service public, un jugement du tribunal administratif de Bastia remettait tout en cause le 27 avril. En retenant l’un des griefs d’une longue liste de requêtes déposée le 11 avril par la Corsica Ferries contre les conditions "inéquitables" et "le favoritisme" de l’appel d’offres, il enjoignait à l’Assemblée corse de revoir une fois de plus sa copie. Déjà le Conseil d’État avait, en décembre 2006, annulé l’ensemble d’un premier appel d’offres.
Le contentieux porte sur une clause de sauvegarde financière discutée par le groupement SNCM-CMN, mais pas avec son concurrent. "Une clause très technique", selon Antoine Sinibaldi, président de l’Office des transports de la Corse, l’organisme de l’exécutif territorial chargé de l’appel d’offres. Elle permet de bénéficier de subventions supplémentaires quand les recettes ne sont pas atteintes. À l’exception de ce presque point de détail, l’ordonnance du tribunal a rejeté toutes les autres requêtes de la Corsica Ferries qui visaient à faire reconnaître un éventuel favoritisme à l’égard de l’offre du groupement SNCM-CMN.
Au départ, cette nouvelle péripétie judiciaire semblait mineure. Même si Pierre Mattei, directeur de Corsica Ferries, souhaitait que "tout soit remis à plat et qu’on reparte de zéro", l’exécutif corse devrait s’en tenir au point incriminé par le juge administratif. Gérard Couturier, président de la SNCM, se montrait prudent. "Cette affaire concerne l’exécutif de la Corse. S’il faut rediscuter, nous rediscuterons. Mais l’appel d’offres n’est pas remis en cause. En revanche, nous allons prendre du retard."
Une simple audition du représentant de la Corsica Ferries sur cette clause allait-elle suffire pour revenir sur le cap? C’était sans compter sur la subtilité des manœuvres procédurières de l’armement de Pascal Lota. Le 4 mai, on apprenait qu’il faisait appel de la décision du tribunal administratif de Bastia jugeant ses arguments "insuffisants" auprès du Conseil d’État. En portant l’affaire devant cette juridiction, la Corsica Ferries enlisait un peu plus une procédure qui patine depuis un an.