Le Port autonome de Nantes/Saint-Nazaire affiche en 2006 un trafic total de 34,4 Mt, en baisse de 0,2 % par rapport à 2005. Cette baisse s’explique par une diminution de 157 000 t des approvisionnements de pétrole brut (10,3 Mt) destinés à la raffinerie Total de Donges, et par le recul de près de 900 000 t des exportations de produits raffinés (5,6 Mt). Alors que les importations de gaz naturel liquéfié (6,7 Mt) progressent de 14,1 %.
À 24,8 Mt, y compris les 2 Mt de charbon, les trafics énergétiques s’élèvent finalement à 24,8 Mt, soit une baisse de 1,1 % par rapport à 2005. Les trafics non énergétiques totalisent 9,7 Mt (+ 2,2 %). Ils ont progressé grâce à la croissance de marchandises diverses et à l’apparition de nouveaux trafics de vracs secs. Les importations d’aliments pour bétail, avec 2 Mt, reculent de 6,5 %. Et, les céréales, avec 1 Mt, progressent de 4,1 %. Les importations de bois sont en diminution de 26,5 %, avec 150 000 t, hors conteneurs et rouliers. Le tonnage du trafic conteneurisé progresse de 5,7 %, avec 1,4 Mt, alors que le nombre d’EVP baisse de 1,4 %. Un écart s’expliquant par un meilleur équilibre entre les flux import et export. Le trafic roulier affiche une hausse de 1,1 % grâce en partie à l’importation du nouveau modèle C4 Picasso pour Citroën fabriqué en Espagne, et malgré l’arrêt de la liaison avec le port anglais de Sherness.