Au cours de l’année 2006, 3 276 navires sont entrés à Rouen, soit 150 escales de moins qu’en 2005. Mais il faut rappeler que tout au long de l’année 2005, Rouen recevait quotidiennement un navire roulier reliant Radicatel et la Grande-Bretagne. Entre 2006 et 2005, Rouen n’a "perdu" que 2,3 % de touchées. Tant le dernier navire de 2006 que le premier de 2007 étaient des navires-citernes, respectivement le pétrolier Sten-Odin et le chimiquier Stolt-Kestrel.
Si le nombre d’escale est en baisse, le tonnage progresse pour sa part. Le 27 décembre, il avait déjà franchi le cap des 23 Mt, en chiffres provisoires (+ 5,7 %). Le trafic hors céréales a dépassé les 17,4 Mt (+ 9,4 %). Toujours au 27 décembre, les vracs liquides pesaient 12 Mt (+ 12,9 %), les vracs solides 8 Mt (+ 1,1 %) et les marchandises diverses 2,98 Mt (− 6,8 %). Les trafics conteneurisés, avec 1,37 Mt, progressent de 2,5 %, ce qui conduirait à un nouveau record pour Rouen dans ce domaine.
Avec plus de 23 Mt, l’année 2006 rejoindra les meilleurs millésimes du port. Le record absolu demeure à 24,08 Mt, établi en 1999, mais les années à plus de 23 Mt ne sont qu’au nombre de trois (1991, 1992 et 1993). 2006 marquera ainsi le meilleur résultat depuis six ans.