L’Emsa est une agence encore très jeune. Elle a commencé ses activités en mars 2003. L’exercice 2005 s’inscrit comme le second exercice complet. "2005 peut être considérée comme une année active", indique le rapport. Depuis 2003, l’agence européenne est entrée en fonction et développe une activité tant de contrôle de l’application de la législation européenne que de conseiller technique auprès de la Commission européenne.
Les missions de cette agence s’articulent principalement autour de la sécurité maritime. En 2005, l’Emsa a entrepris une démarche innovante: inspecter les inspecteurs. Ainsi, dans le cadre du contrôle de l’État du port, les experts de l’Emsa ont assisté, dans sept pays (Belgique, Pays-Bas, Allemagne, Portugal, Irlande, Italie et Finlande), à des contrôles menés par les inspecteurs locaux. À l’issue de ces visites, les agents de l’Emsa rédigent un rapport destiné à la Commission européenne et aux États membres. Il détaille les améliorations à entreprendre pour une meilleure efficacité des contrôles. Cette mission sur le contrôle de l’État du port s’étend aussi sur la constitution d’une base de données des mouvements de navires et des inspections réalisées dans tous les États membres.
Parmi ses nombreuses tâches, l’Emsa est aussi habilitée à vérifier les conditions de délivrance des diplômes des marins de pays tiers navigant sous pavillon européen.
Les diplômes délivrés par ces centres de qualification doivent être reconnus par l’UE. Afin de préparer cette tâche, l’Emsa a commandé deux études: la première doit déterminer la méthodologie à employer pour entreprendre ces contrôles. La seconde étude donne une vision des conditions de délivrance des certificats de qualification des marins. Encore, parmi ses missions, l’Emsa a la charge du contrôle des sociétés de classification. Chaque organisation reconnue ("recognised organisations") doit être contrôlée au moins tous les deux ans. Les agents de l’Emsa ont donc entrepris, en 2005, de visiter les sièges de ces sociétés. Et afin d’assurer un contrôle plus fin de ces structures, les experts de l’agence européenne ont inspecté des navires classés par ces sociétés qui ont été détenus au cours des derniers mois. Neuf sociétés de classification ont fait l’objet d’inspection en 2005, qu’il s’agisse de sociétés européennes ou basées dans un pays tiers, mais disposant d’un bureau en Europe. Enfin, l’Emsa a étendu son champ d’action vers la sûreté. Elle vérifie les données collectées par les inspecteurs sur les sociétés reconnues agréées et mène des audits auprès des États membres, des navires et des armements pour la bonne application de la législation.
L’agence européenne joue aussi un rôle de conseiller technique tant pour la Commission que pour les États membres. Ainsi, elle siège à l’OMI, pour le compte de la Commission afin de participer aux débats sur la sécurité maritime. Elle participe aussi aux réunions d’Helcom, une organisation internationale qui lutte contre tous les risques de pollution en mer Baltique. Elle dispense aussi des formations destinées aux fonctionnaires des États nouvellement entrés sur des thèmes comme le contrôle par l’État du port, la surveillance des trafics ou les enquêtes après accident.