À l’issu du premier semestre 2006, le trafic total du port de Bayonne s’élève à 1 948 533 t, un recul de 4,43 % par rapport à l’an passé. Faut-il en déduire que cette année encore, le port de l’Adour aura du mal à atteindre la barre des 4 Mt? Difficile de se prononcer quant on sait que la baisse des trafics est très clairement conjoncturelle.
Au niveau des exportations, le maïs continue son recul avec seulement 176 533 t (− 11,77 %), sachant qu’il n’y a guère, il était un des trafics phare avec son million de tonnes à lui seul. Le pétrole brut est lui en progression de 7,11 % pour 93 983 t. Du côté des importations, ce même baril semble freiner la consommation des produits blancs raffinés en recul de 22,12 % à 255 075 t. La ferraille connaît un trafic soutenu avec 309 021 t (+ 27,93 %), mais régresse dans sa transformation en billettes avec 287 925 t (− 7,33 %). Le soufre, sans surprise, continue son érosion avec 184 831 t (− 3,56 %) avec, comme élément nouveau, l’arrêt définitif de son exportation sous forme solide (granulés). Désormais, son exploitation est concentrée à son état liquide (140 oC) par navires spécialisés, dont le tout nouveau soufrier-bitumier FS-Charlotte de l’armement Fouquet Sacop. Le bois dans toutes ses formes – grumes, agglos et divers – est également en recul. Les vracs solides sont en augmentation de 27,95 % avec 55 395 t ainsi que les produits chimiques avec 16,41 % pour 304 739 t. Étroitement liés aux ressources agricoles du bassin aquitain, les engrais fléchissent aussi de 12,23 % pour 221 865 t.
Malgré ces résultats en baisse, le port de Bayonne n’en poursuit pas moins la recherche de sa diversification par le développement de certaines infrastructures et autres équipements. Ainsi, rive droite, un hangar de 4 000 m2 a été mis en service; nécessitant un investissement de 1 M€, il comporte un atelier et magasin général. Dans la partie aval du port, au droit du poste de la Maïsica, un ponton de 50 m a été construit. D’un coût de 350 000 €, il est destiné à recevoir les deux remorqueurs portuaires, pour une meilleure rapidité d’intervention. Enfin, la CCI poursuit la mise aux normes internationales de sûreté par ses travaux de sécurisation des zones portuaires. Trois zones sont concernées: Blancpignon, Saint-Bernard et Tarnos. Elles seront sous peu clôturées, dotées de portails et barrières à accès par badge, et de tourniquets pour piétons. L’ensemble sera placé sous télésurveillance.