Le dernier conseil d’administration du Port autonome de Nantes-Saint-Nazaire, qui s’est tenu le 23 mars, a donné un avis positif sur le nouveau périmètre Natura 2000. Il devrait inclure tout l’estuaire, jusqu’à Nantes et ne devrait pas affecter l’activité portuaire, ni son développement. Le projet d’extension à Donges-Est qui vient d’avoir le feu vert du gouvernement (JMM du 17-03-06, p. 26), est pris en compte dans ce périmètre, tout comme les installations portuaires existantes.
Certains élus ligériens ont donné des avis négatifs.
L’État doit étendre les périmètres des sites Natura 2000. Ils ont pour objectif de créer un réseau écologique sur tout le territoire européen. Fin 2004, la Communauté européenne a mis en demeure la France pour insuffisance de propositions de sites. En juillet 2005, la France s’est engagée à notifier, d’ici le 30 avril 2006, ses propositions, en particulier par une extension aux chenaux de navigation des trois principaux estuaires de l’Atlantique.