La SNCM n’en a pas fini avec la Commission européenne. Dans l’entourage de Jacques Barrot, commissaire aux transports, on se plaint de n’avoir toujours pas reçu d’éléments concrets sur la privatisation de la compagni e marseillaise. Or, ce processus comporte d’importantes et nouvelles aides de l’État. La reprise par le fonds d’investissement Butler (38 %) et le groupe Veolia (38 %) s’accompagne d’une aide de 100 millions d’€: 40 M€ pour couvrir les pertes de 2005 et 2006, 30 M€ pour financer les restructurations et 30 Me pour la prise en charge des retraites.
Juridiquement, l’État français, qui conserve temporairement 25 % des parts (et 9 % pour les salariés), ne peut verser aucune aide sans une notification officielle de Bruxelles. La Commission européenne laisse apparaître son agacement devant "cette entreprise abonnée aux plans et aux aides" et réclame "un changement de comportement". Du côté français, on estime que "les discussions avec la DGT et la commission européenne se passent bien".
Dossier parallèle, le groupe STEF-TFE qui contrôle la Compagnie méridionale de navigation a attiré l’attention de la Commission européenne sur les 45 % que détient toujours la SNCM. À la fois alliées et concurrentes, les deux compagnies se partagent la délégation de service public pour les lignes entre Marseille et la Corse.