De l’avis d’un exploitant de transports d’animaux vivants, l’organisation des transports via le maritime ou l’aérien dépend le plus souvent du chargeur, en lien avec son client, ou du commissionnaire de transport. Par bateau, le transport peut s’effectuer en plaçant le camion sur le bateau (pour les plus petits chargements) ou, lorsqu’il s’agit de livrer 1 000 ou 1 500 têtes, directement dans les cales de bateaux bétaillères. Dans ce cas-là, les animaux sont sous la responsabilité du transporteur jusqu’au parc de transit du port, à Marseille, Sète ou le Havre. Ils sont alors pris en charge par les équipes du parc, avant de monter dans le bateau.
Plus cher, le transport aérien de bovins, chèvres ou porcs concerne plutôt des animaux précieux, tels que des mâles reproducteurs. Il porte sur des petites quantités, entre deux et quatre camions maximum. Des plateformes importantes pour ces animaux sont Châteauroux, Francfort ou Amsterdam. À l’aéroport de Lyon, la plateforme de fret s’est spécialisée en 2013 dans l’accueil des chevaux. Près de 1 000 équidés ont été ainsi été exportés au départ de Lyon-Saint Exupéry. Le site équipé d’une animalerie bénéficie aussi de la présence d’un vétérinaire et, depuis l’automne dernier, d’un poste d’inspection filtrage. Opérationnel d’ici à la fin du premier trimestre 2017, il permettra à la plateforme de gérer également les importations d’équidés.