Un décret et un arrêté du 24 novembre 1999 - publiés au Journal Officiel du lendemain - renforcent les règles relatives à la protection des animaux en cours de transport. Ils transposent en droit français les dispositions édictées par la directive européenne du 29 juin 1995. Des règles communautaires fortement contestées par les professionnels qui les estiment tout à la fois contraires au bien-être des animaux et incompatibles avec la réglementation sociale applicable aux conducteurs. Les textes fixent, pour tous les animaux et tous les véhicules, un régime fondé sur une durée maximale de transport de 8 heures avec une tolérance de 2 heures en cas de proximité du point d'arrivée. Le prolongement du voyage au delà de cette période ne peut intervenir que sous conditions liées à l'équipement des véhicules routiers - les parois des bétaillères doivent être dotées intérieurement de panneaux pleins fixes ou mobiles et des normes d'étanchéité sont définies - aux installations d'accueil dans des points d'arrêt agréés et au respect des programmes de transport. Spécifiques à chaque espèce et à l'âge des animaux transportés, ceux-ci fixent les intervalles d'abreuvement et d'alimentation ainsi que les durées de voyage et de repos.
Au plan des conditions d'exercice de la profession, tout transporteur d'animaux vertébrés doit détenir un agrément vétérinaire d'une durée de validité de 5 ans dont les modalités sont fixées. La demande doit être adressée aux services vétérinaires du département, elle s'accompagne d'un engagement écrit dont le modèle est annexé, de la liste des moyens de transport utilisés avec leurs immatriculations et de la liste des convoyeurs avec mention de leur qualification. Une visite sur place des services vétérinaires est prévue afin de vérifier le respect des conditions d'agrément (conformité des véhicules, dispositions sanitaires, tenue de registre...). La même obligation s'impose aux propriétaires ou exploitants des points d'arrêt. L'obtention de l'agrément implique la formation des convoyeurs. En sont dispensés les détenteurs de certains diplômes ou certificats (la liste est à venir), d'une attestation de formation continue et les personnels justifiant d'une expérience professionnelle de cinq ans. Au 31 décembre 2001, l'ensemble des convoyeurs d'une entreprise devra avoir satisfait à cette obligation. Avant cette date, un agrément provisoire peut être délivré à l'entreprise si elle remplit les autres conditions.