Selon l’ONG Transparency International, il y a faiblesses structurelles dans le financement de l’organisation si bien que les États ayant le plus grand nombre de navires immatriculés contribuent davantage au financement de l’OMI (en fonction de la taille de leur flotte mesurée en tonnes de port en lourd) et cette situation « leur octroie du pouvoir sur l’entrée en vigueur d’une politique et son moment ». Selon les règles actuelles, les deux tiers des contributions financières de l’OMI proviennent de dix pays seulement. Neuf des dix premiers contributeurs à l’OMI occupent actuellement des postes élus au Conseil de l’OMI, seules les Îles Marshall n’y sont pas représentées. « En fin de compte, il y a un risque que quelques États entravent l’élaboration des politiques en matière de changement climatique, si les conséquences économiques s’avèrent préjudiciables à leurs intérêts. Cela pourrait retarder, affaiblir ou interdire une stratégie ambitieuse et efficace en matière de GES ».
Autre problématique selon l’ONG, les pavillons de complaisance. Lorsque l’OMI a été créée en 1958, seuls 13 % des navires battaient pavillon de complaisance. Ils seraient environ 75 % aujourd’hui. L’ONG rappelle que plus de la moitié de la flotte mondiale navigue sous les pavillons de Panama, du Libéria, des îles Marshall, de Malte et des Bahamas. « Trois d’entre eux (Panama, Îles Marshall et Bahamas, NDLR) ont récemment été classés en paradis fiscaux non coopératifs par l’UE. On peut s’interroger sérieusement sur leur intérêt à formuler et appliquer des mesures de décarbonisation ambitieuses ».
Selon l’OCDE, il existe 35 registres dit ouverts (« open registries »), ce qui représente environ un cinquième de tous les États-membres de l’OMI. L’ONG estime que 17 sont en outre gérés par des sociétés privées, lesquels peuvent représenter directement les États, « ce qui donne à penser qu’environ 10 % des délégués à l’OMI pourraient en fait provenir du secteur privé, en soi un principe contrevenant au système de gouvernance internationale de l’ONU ».
Influence de l’industrie du transport maritime? Les transporteurs représenteraient 57 % de tous les membres consultatifs. L’industrie du transport maritime peut « accéder aux documents, les soumettre, observer et prendre la parole lors de réunions à tous les niveaux du processus décisionnel de l’OMI ». S’ils veulent « retarder ou atténuer » des mesures contraignantes impliquant de lourds investissements, relève l’ONG, « elles sont bien placées à l’OMI pour résister ».