Après une longue période d’immobilisme prudent, il est décidé en 2004 de confier les quatre sites de l’ENSM aux Régions. Un grand classique quand l’administration centrale ne sait pas ou ne veut pas décider. Quelques mois plus tard, on « découvre » que les Régions n’ont pas des compétences en matière d’enseignement supérieur. Rétropédalage en rase campagne. En toute irrationalité, les quatre sites sont conservés mais au sein d’une même école. Lors des Assises de la mer de novembre 2011, Nathalie Kosciusk0-Moricet, ministre assurant indirectement la tutelle, explicitait sa « conviction » selon laquelle il faut faire un choix entre les différents sites: « Je suis ouverte à toutes les propositions que vous voudrez bien me faire à ce sujet. » Avec l’alternance, barre à gauche (ou droite) toute: aux 12e Assises de la mer, Jean-Yves Le Drian, ministre de la Défense, se dit « très attaché » au maintien d’une école à Saint-Malo. À cette époque, il manque environ 3 M€ à l’ENSM pour assurer sa survie à court terme. Son directeur général du corps des Affaires maritimes est démis de ses fonctions début novembre 2012. Son président, issu du village armatorial, démissionne. François Marendet est nommé d.g. avec, d’une main, une lettre de mission exigeant le maintien de quatre sites, et de l’autre, un rapport de la Cour des comptes qui souligne les « contradictions » entre l’objectif d’une réforme à coût constant s’inscrivant dans la démarche de la revue générale des politiques publiques et le maintien de quatre sites d’enseignement. Quelques mois plus tard s’est ouverte une violente polémique lorsque les Havrais ont appris que les 1re, 2e et 3eannées de la formation d’officiers polyvalents se feraient à Marseille.
Les conclusions de l’audit demandé par le ministre sur le fonctionnement de l’école sont, à ce jour, classées « confidentiel défense ». Pour apaiser les régionalismes qui se sont illustrés dans cette épopée, le site privé de Port-Revel n’est pas si absurde que cela.