La zone a accueilli des industries lourdes (sidérurgie, construction navale, mécanique, etc.) et la plupart du temps polluantes. Le grand projet de transfert du port traditionnel situé dans la ville vers la zone d’El Abra, la reconversion industrielle et la rénovation urbaine ont eu une dimension environnementale fondamentale qui a consisté à faire de Bilbao et des communes adjacentes une métropole plus accueillante.
La stratégie du port s’insère dans cette dynamique. En 2014, l’Autorité portuaire de Bilbao (APB) a obtenu l’enregistrement Emas. La délivrance de cet agrément s’inscrit dans la stratégie qui vise à faire de Bilbao un port de référence en matière de développement durable et de responsabilité sociale.
L’APB agit sur plusieurs fronts. En ce qui concerne la qualité de l’eau, l’APB a pris plusieurs initiatives, dont la participation à un ambitieux projet de collecte des eaux résiduelles par le biais d’un accord avec l’Agence basque de l’eau (URA) et le Consortium des eaux Bilbao Bizkaia.
Un réseau de stations de mesure de la qualité de l’air a été mis en place. Par ailleurs, l’APB développe actuellement une « modélisation et un système de prédiction de la qualité de l’air dans le port de Bilbao » ainsi qu’un « tableau de bord environnemental ». Des accords de « bonnes pratiques » ont été signés avec les opérateurs des terminaux portuaires afin de favoriser les investissements destinés à améliorer la protection de l’environnement.