Le journal Le Parisien a été condamné pour le passage d’un article paru en janvier 2012, affirmant que le CE de SeaFrance envisageait de donner de l’argent à une association occupant un immeuble propriété de Didier Cappelle, alors secrétaire du syndicat CFDT Maritime Nord.
La directrice de la publication a été condamnée par le tribunal correctionnel de Paris à une amende de 500 €, deux journalistes à la même peine, mais avec sursis. Les trois prévenus ont en outre été condamnés solidairement à verser 1 000 € de dommages et intérêts au CE d’une part et à Didier Cappelle d’autre part, et 2 000 € pour les frais de justice à chacune de ces deux parties civiles. Les poursuites visant le reste de ce même article ont échoué, tout comme celles engagées contre un autre article paru dix jours plus tôt dans Le Parisien, et des articles publiés par Libération et Le Figaro sur leurs sites internet.
De nombreuses procédures en diffamation ont déjà été engagées par Didier Cappelle et Éric Vercoutre – respectivement ancien secrétaire général du syndicat Maritime Nord, qui contrôlait le CE, et ancien secrétaire général du CE –, perdues pour la plupart, hormis une contre le Nouvel Observateur en octobre.
Ils ont notamment poursuivi l’ancien secrétaire général de la CFDT, François Chérèque, qui a été relaxé. Le syndicat Maritime Nord a été radié en 2012 de la CFDT. En novembre 2013, Didier Cappelle et Éric Vercoutre ont été mis en examen à Lille pour abus de confiance dans une affaire liée aux comptes du CE de SeaFrance.
Après la liquidation de l’entreprise début 2012, d’anciens salariés ont monté une Scop (société coopérative et participative), MyFerryLink, qui risque de devoir cesser son activité à la fin de l’année en raison d’une décision de l’autorité de la concurrence britannique, dont la compagnie française a fait appel.