Vannes est un port à passagers disposant d’une gare maritime ouverte à trois compagnies: la Compagnie du Golfe, la Compagnie des Îles-Navix, toutes deux pour des excursions et des liaisons estivales, et Bateaux-Bus du Golfe (Finist’Mer) pour la desserte publique de l’île d’Arz.
Le deuxième trafic est le cabotage, le port étant le siège de l’armement Transports maritimes côtiers, une filiale de la compagnie Maritime nantaise. Il arme deux caboteurs récents, Taillefer-3 et Guedel-3 (40 m, 340 t), plus le Banco en affrètement, et assure le trafic de vrac vers les îles.
En 2011, il a chargé à destination de Belle-Île 27 000 t à Vannes, 13 000 t à Lorient et 6 500 t à Saint-Nazaire. À destination d’Yeu, 1 710 t aux Sables d’Olonne et 1 850 t à Fromentine. Il faut y ajouter un flux de retour de 10 000 t. Ce trafic nouveau porte sur l’expédition sur le continent de 500 bennes à déchets non-ménagers de Belle-Île qui sont ensuite expédiées dans des centres de traitement du Morbihan et de Loire-Atlantique. Le contrat a été remporté par la Coved, société du groupe Saur, TMC ayant été désigné pour le transport. Précédemment, ce trafic passait par camion sur le transbordeur public de Belle-Île, avec l’inconvénient de limiter la place des véhicules légers. TMC assure aussi en octobre le remplacement du caboteur public de l’île d’Yeu, l’Insula-Oya.
À Vannes, la ville veut construire un tunnel sous le port, ce qui conduirait TMC à se déplacer vers l’aval. L’armement dispose actuellement de deux quais, dont un est inutilisable. Le nouveau quai mesurerait 70 m.
L’armement exploite aussi une filiale au Sénégal avec deux caboteurs de 800 t (Casamance et Cap-Saint-Georges), pour un trafic stabilisé à 70 000 t.