La Patagonie chilienne est un territoire moins facile d’accès que son homologue argentine. Elle s’étale sur trois régions chiliennes, depuis celle de Los Lagos (Puerto-Montt) jusqu’à celle de Magellan (Punta-Arenas) en passant par l’Aysen. Constituée de montagnes, vallées, glaciers, etc., elle est plus aisée d’accès par la mer, même s’il existe une longue route côtière, la « Carretera Austral », de 1 240 km, reliant Puerto-Montt et Villa O’Higgins (ville au sud de Puerto-Chacabuco).
Sur le plan maritime, la desserte est assurée principalement par la compagnie Navimag (Naviera Magallanes) qui utilise deux navires rouliers, les Evangelistas (123 m, 339 passagers, 1 050 ml de capacité) et Puerto-Eden (114 m, 164 passagers, 860 ml). Ils relient principalement Puerto-Montt à Puerto-Natales (hebdo) et Puerto-Montt à Puerto-Chacabuco (2-3/semaine). Pour la navigation régionale, il existe également plusieurs autres transporteurs, principalement Transmarchilay (service de grands bacs pour la desserte de Chiloé), Naviera Austral (qui relie Puerto-Montt à Chaiten) et la firme Transbordadora Austral Broom (grands bacs opérant dans la région du détroit de Magellan).
Dans le domaine des conteneurs, la Compania Sud-Americana de Vapores (CSAV) est également présente dans cette zone avec deux porte-conteneurs. Ils assurent une rotation hebdomadaire entre Lirquen, San Antonio, Punta-Arenas, Puerto-Chacabuco et retour à Lirquen.