L’activité porte sur trois trafics, la plaisance, le commerce et le transport de passagers.
Le commerce, c’est uniquement le cabotage avec la compagnie Transports maritimes côtiers. Elle dispose de deux quais, 30 m et 40 m, dont l’un est inutilisable, et d’un terre-plein occupé en AOT (autorisation d’occupation temporaire) sur lequel elle détient un bâtiment en propriété. Ce poste de cabotage se trouve proche d’un pont qui relie les deux rives de la ria de Vannes. Pour fluidifier la circulation automobile, la ville va le détruire et le remplacer par un tunnel qui sera implanté au niveau du quai actuel. Le poste sera donc déplacé d’une centaine de mètres vers l’aval. Sur le nouveau terre-plein, il faudra construire de nouveaux locaux selon un montage en cours de définition. Un dragage s’imposera aussi pour ménager une souille et une zone d’évitage. Actuellement, les caboteurs disposent de 4 m de profondeur alors que leur tirant d’eau est de 3 m en charge maximale.
En aval se trouvent la nouvelle gare maritime publique et les embarcadères qui sont mis à la disposition de la Compagnie des Îles, de Navix et de la Compagnie du Golfe. Le trafic comprend une desserte publique entre Vannes, Séné et l’île d’Arz. Ce port est aussi un départ d’excursions marines parmi les îles du golfe et jusqu’à Belle-Île. Sur ce plan, le port contribue à renforcer la vocation touristique du Morbihan.