Le 11 juin, le directoire de SeaFrance a présenté au Comité d'entreprise extraordinaire de la compagnie un « nouveau plan industriel » (NPI) qui viendra se substituer au plan de redressement en vigueur jusqu'à la grève de Pâques dernier. Le 16 juin, SeaFrance a présenté son plan au tribunal de commerce de Paris, qui a prolongé la procédure de sauvegarde. Ce plan prévoit 725 suppressions de postes équivalents temps pleins (ETP), au lieu de 482 prévus initialement, soit 243 suppressions supplémentaires. Grâce à plus de 200 départs volontaires, l'effectif est déjà revenu à moins de 1 400 salariés. L'effectif final est évalué à 853 ETP. Le coefficient d'armement à bord est fixé à 2,73. La CFDT a approuvé ce plan « pour sauver SeaFrance », commente sobrement Didier Cappelle, secrétaire général du Syndicat maritime Nord, tout en qualifiant le projet « d'incomplet ». Les autres formations se sont abstenues, jugeant toutefois le plan « inéluctable ». Celui-ci consiste à armer quatre navires, les trois car ferries et le Nord-Pas-de-Calais, « au plus près des besoins », explique Vincent Launay, membre du directoire. Il est prévu en moyenne 210 traversées par semaine, avec des pointes jusqu'à 224 départs (16 par jour dans chaque port, contre 23 avant la crise) en haute saison touristique britannique. Il peut aussi y avoir modulation dans la journée. Toutes les catégories de personnel seront touchées. Ce dispositif prévoit, dans l'effectif permanent, un volant de personnel utilisable en renfort, un système déjà en vigueur.
Le retour à l'équilibre est prévu pour 2014 à 2015. L'exploitation en saison cette année restera déficitaire. La trésorerie était négative de plus de 41 M€ fin 2009. Les projections laissent craindre un besoin de 150 M€ à la fin de l'année. SeaFrance chiffre le besoin de refinancement (recapitalisation et prêt à long terme) à 190 M€. L'actionnaire, la SNCF, fixe pour conditions l'acceptation sans réserve du NPI, du PSE (plan de sauvegrarde pour l'emploi) et de nouveaux accords d'armements par les instances paritaires. Les 70 M€ prévus par la convention de trésorerie en vigueur entre SeaFrance et la SNCF ont duré plus longtemps que prévu, mais pourraient être épuisés fin juillet.
Le directoire a néanmoins écrit au tribunal de commerce de Paris pour demander la conversion de la procédure de sauvegarde en redressement judiciaire. À cela deux raisons: « d'une part, inscrire les discussions dans un calendrier plus serré; d'autre part, en cas d'échec et de non-financement par la SNCF, permettre aux administrateurs judiciaires de chercher un plan B, c'est-à-dire un repreneur », résume Vincent Launay.