Seuls les commandos de Marine sont capables d'intervenir en mer, dans l'obscurité et si loin de la côte. Le convoi, composé de six unités dont le navire turc à passagers Mavi-Marmara, a été conduit au port israélien d'Ashdod pour vérification. À bord se trouvaient trois parlementaires allemands et deux élus arabes de la Knesset (Parlement israélien). Parmi les 480 passagers arrêtés, les étrangers ont été expulsés vers leurs pays d'origine. La majorité d'entre eux venaient de Turquie, des États-Unis, de Grande-Bretagne, d'Australie, de Grèce, du Canada, de Malaisie, d'Algérie, de Serbie, de Belgique, d'Irlande, de Norvège, de Suède, du Koweït… et de France (neuf personnes).
Fait exceptionnel en Israël, l'état-major a diffusé des échanges radio et des images tournées pendant l'interception en caméras à visée nocturne. Les commandos étaient équipés également de matériels antiémeute. Certains ont été autorisés à répondre à la presse. « Nous ne nous attendions pas à une telle résistance de la part des activistes de ce groupe, puisque nous pensions avoir affaire à une organisation d'aide humanitaire, a reconnu le commandant de l'assaut dont l'identité n'a pas été révélée. Un certain nombre de commandos qui avaient saisi la situation – la menace contre leur vie –, ont changé de mode d'action et se sont servis de leurs armes à balles réelles dès qu'ils ont touché le pont » du Mavi-Marmara, où ils avaient été hélitreuillés. Selon l'armée israélienne, sept commandos ont été blessés, dont certains par matraque ou arme blanche, un précipité du pont supérieur sur le pont du dessous et deux autres touchés par balles, peut-être au moyen d'armes qui leur avaient été arrachées. Dès le 1er juin, les experts militaires ont souligné les erreurs commises: renseignements insuffisants, équipements inadaptés et maladresse dans l'exécution. Le même jour, l'Égypte a rouvert le point de passage de Rafah, à sa frontière avec la bande de Gaza.