En 2000, à l'initiative de la Commission européenne et à la demande du ministère des Transports est né le Bureau de promotion du cabotage maritime (BP2S), avec le soutien des organisations professionnelles du transport et de la logistique (commissionnaires de transport, transporteurs maritimes et routiers, agents maritimes, ports français…). Le cabinet Copetrans, dirigé par Marc Abeille, assurant le fonctionnement effectif du Bureau. En 2001 était signée une convention de mission entre le BP2S et l'Agence pour le développement de l'environnement et la maîtrise de l'environnement, d'un montant de 280 000 €. En douze mois, trois actions de promotion ont été menées. Ce contrat exécuté, le BP2S était soutenu à bout de bras par Copetrans car les pouvoirs publics n'étaient plus à même de renouveler directement ou indirectement leur effort financier. En 2004, le BP2S fonctionnait à minima. Le ministère des Transports n'hésitant pas à lancer un appel d'offres européen pour trouver un nouvel « exploitant ».
En juillet 2005, le BP2S renaissait de ses cendres pas encore totalement froides, grâce à ses membres fondateurs: nouveaux statuts, nouvelle organisation. Le BP2S signait alors un contrat de prestation de service avec Armateurs de France qui mettait à disposition une partie de ses moyens humains et matériels. Une autre convention pluriannuelle d'aide (2006 à 2008) était conclue avec le ministère des Transports au sujet du financement. Globalement, le contribuable versait à BP2S une somme comparable à celle de ses adhérents, si le budget de l'État le permettait. Avec la présidence française de l'Union européenne, le BP2S connaît une intense activité, les pouvoirs publics français faisant ce qu'il fallait. En 2009, l'effort de ces derniers commence à faiblir.
En 2006, le BP2S organise le premier colloque en Europe sur les aides Marco Polo. En octobre 2008, près de 150 personnes se pressent à la première journée européenne du transport fluvio-maritime. En décembre 2009, une centaine de personnes assiste à la demi-journée sur le thème récurrent des autoroutes de la mer, qui ne sont pas uniquement des dessertes fréquentes de rouliers, devait souligner une nouvelle fois le président Bozzoni. La présidence de BP2S est aujourd'hui provisoirement assurée par un des vice-présidents, Philippe Bonnevie représentant les chargeurs.
Aujourd'hui se pose la question de l'avenir que l'on souhaite donner à une structure unique en son genre. Il n'y a qu'un seul bureau de promotion du short sea shipping par État membre. Ce dernier n'a pas vocation à gagner de l'argent et ses membres tiennent à une certaine indépendance vis-à-vis de pouvoirs publics souvent évolutifs et dont le tropisme maritime n'est pas la principale caractéristique.