Le projet de privatisation du port a provoqué un conflit entre l'Autorité portuaire et les armements P & O Ferries, SeaFrance et Norfolkline.
Ces derniers refusent en effet d'augmenter leurs tarifs de 35 % au cours des trois prochaines années comme elle le leur propose. Dans une lettre commune à l'Autorité portuaire, ils soulignent qu'ils ont versé des contributions supplémentaires totalisant 60 M£ (66,6 M¤) au cours des trois dernières années, afin de préfinancer la construction d'un second terminal, au motif que le port ne pouvait lever des fonds en sa qualité de « trust port » qui lui interdit de faire des bénéfices. La privatisation devrait changer cet état de fait. En outre, poursuivent-ils, « nous apprenons que le Terminal 2 n'est plus une priorité immédiate... et que le nouveau propriétaire n'aurait aucune obligation de le construire ». Selon Helen Deeble, directrice générale de P & O Ferries, l'Autorité portuaire a « abusé de son pouvoir monopolistique » et les trois armements, qui contribuent à 70 % de ses recettes, envisagent de l'attaquer en justice.
De son côté, Bob Goldfield, directeur général de l'Autorité portuaire a reproché aux trois compagnies d'avoir rendu leurs griefs publics. Mais il reconnaît qu'il faudra entreprendre « des négociations entre nous, le ministère des Transports et les opérateurs de ferries » et aussi qu'il reste une « sensibilité au sujet des réserves financières du port qui se montent à 60 M£ (66,6 M¤) ».