Depuis la fondation de Fos à la fin des années 1960, Marseille n'a jamais cessé d'être confronté au développement durable. La zone industrialo-portuaire de Fos, vaste territoire gagné sur les éléments, comprend un tiers de milieux naturels, exactement 3 000 ha sur 10 000. Le domaine portuaire possède, entre Crau et Camargue, entre Méditerranée et Rhône, un écosystème unique dans le monde que le GPMM a également pour mission de conserver.
Oublierait-il ce contexte, l'actualité se chargerait aussitôt de le rappeler à l'ordre. On se souvient encore de l'opposition des écologistes à la construction du terminal GDF2 ou de l'incinérateur de Marseille-Métropole sur le site duquel la découverte de lys maritimes a retardé un moment le chantier. La plate-forme IKEA avait aussi dû lever l'hypothèque écologique d'un site dédié à l'activité portuaire, mais où la nature avait repris ses droits au bout d'années de jachère. Aujourd'hui, le creusement d'un chenal de 3,5 km de long entre la darse 2 et le canal du Rhône bute sur le même seuil naturel.
Près de 400 espèces végétales ont été dénombrées dans la couronne agri-environnementale de la ZIP dont une vingtaine bénéficie d'une protection réglementaire. La faune y est aussi précieuse. Le site se révèle un carrefour pour les espèces qui empruntent les routes migratoires méditerranéennes. Avec plus de 300 espèces animales vertébrées visibles sur l'ensemble du site, l'intérêt patrimonial est considérable.
Ici, les flamants roses font partie du décor portuaire. Aussi, le GPMM a défini en 2007 un « plan de gestion d'espaces naturels » (PGEN) qui vise à structurer et planifier sur cinq ans des actions de préservation et de mise en valeur de ses espaces naturels. L'enjeu principal du plan de gestion est « de conserver la diversité des paysages, des habitats et des espèces ». Les 88 actions programmées seront pour la plupart financées sur fonds propres estimés à 3,5 M¤.
Parmi les actions déjà menées, on retiendra l'installation d'une passe à civelles (alevin de l'anguille), la cartographie des espèces floristiques invasives de la ZIP, l'étude de réhabilitation du bâti agricole (bergerie du Ventillon, mas de Gonon, maisons de garde...) ou l'organisation du nettoyage citoyen de la Flèche de la Gracieuse. Les coutumes du lézard ocellé, de l'avifaune des roselières, de la cistude (tortue) ou de la sterne naine n'échappent à la vigilance des responsables.
Le GPMM n'a pas qu'affaire avec les écologistes. Il faut composer avec les chasseurs, pêcheurs ou agriculteurs qui exploitent ses terres. Sans oublier les simples promeneurs et amoureux de la nature. Pour eux, les marais du Tonkin, régulièrement entretenus pour préserver la biodiversité des zones humides, viennent de s'enrichir d'un centre d'accueil pédagogique.