Marseille Fos se démarque du reste des ports méditerranéens dans le domaine du traitement des déchets d'exploitation et des résidus de cargaisons en lançant, dès 2004, un plan de gestion des déchets. Pour les vracs liquides, deux stations de déballastage sur les terminaux pétroliers de Fos et Lavéra permettent aux pétroliers de prétraiter leurs effluents avant recyclage.
Quant aux ordures ménagères, emballages, eaux de fond de cales, huiles, plus de 100 000 m3 de déchets solides ont été collectés et près de 600 000 m3 de déchets liquides réceptionnés depuis la mise en place du plan de gestion des déchets.
Rappelons que le GPMM est membre de la Fondation ECOPORTS, réseau de ports et d'acteurs portuaires qui partagent leurs expériences en matière d'environnement et qui a pour ambition de créer en Europe et même au-delà, un champ commun d'actions sur les questions de management durable dans les ports.