Le port de Calais, Région et concessionnaire, vise la labellisation Eco-Port pour la fin de ce semestre. Le label Eco-Port sanctionne la mise en place d'un système de management environnemental global. La Région et son concessionnaire « n'envisagent pas Calais Port 2015 autrement que comme un projet exemplaire pour l'environnement », a notamment affirmé le président de la CCI concessionnaire Jean-Marc Puissesseau en séance de clôture du débat public. Les associations de défense de l'environnement ont d'ailleurs exprimé une réelle pression et des inquiétudes, mais sans remettre en question de manière radicale le projet. L'un des débats essentiels concerne la gestion du trait de côte. La Région a lancé une étude hydrosédimentaire globale, intégrant des données comme le dragage à long terme ou le risque de changement climatique. L'objectif est d'aboutir après construction du nouveau port à un fonctionnement aussi proche que possible du milieu existant. Un équilibre remblai/déblai est recherché.
Dès à présent, le port surveille de très près la qualité des eaux des bassins et ses sédiments de dragage. Depuis le début de la décennie, le port de Calais met en place des décanteurs pour traiter les eaux de ruissellement. En 2010, la concession investit de nouveau 1,8 M¤ dans les décanteurs du port est. Les mesures montrent une qualité de l'eau bonne dans l'avant-port, moyenne dans le bassin Ravisse, et mauvaise dans le bassin Carnot, avec présence de métaux lourds et d'hydrocarbures. Une zone d'immersion des sédiments de bonne qualité est délimitée à 1 mille au nord-ouest de la passe. Le traitement des autres sédiments est à l'étude, ciblé sur une valorisation durable.