Les 5 et 6 octobre, les partenaires sociaux de SeaFrance ont signé une série de protocoles annexés au relevé de fin de médiation approuvé par référendum le 15 décembre, et signé in extremis par la CFDT le 16 décembre. Ces signatures ont de nouveau donné lieu à une épreuve de force entre la direction et la CFDT, majoritaire chez les marins. Pierre Fa, président du Directoire, avait alors menacé par écrit les salariés de retour au Tribunal de commerce de Paris si tout n'était pas réglé le 6 janvier au soir. L'intersyndicale CGC-CGT des officiers a signé la première. La CGT et la CFDT ont négocié jusqu'au dernier moment.
Le différend final portait sur ce que les syndicats appelaient des « ajouts et modifications », contestés par la direction, au constat de fin de médiation. Les dispositions contestées ont été retirées. D'ici au 22 janvier, certains points seront discutés, comme l'organisation du travail de nuit du samedi au dimanche à la direction des opérations portuaires. Toute allusion à « d'éventuelles sanctions disciplinaires » en cas de « cessation concertée du travail » disparaît. Une « clause de revoyure » proposée par le médiateur, sous 15 mois, est confirmée.
482 emplois supprimés
Dès le 1er février, s'appliqueront les « accords de productivité » arrachés par la direction. 482 emplois seront supprimés, dont 33 officiers et 395 autres navigants. Les officiers et le personnel hôtelier paient un lourd tribut. Compte-tenu des départs volontaires l'effectif de SeaFrance reviendra à 1 068 personnes, contre près de 1 600 en janvier 2009.
Trois étapes doivent ensuite être franchies, simultanément. Les partenaires doivent peaufiner dans le détail les nouveaux accords d'armement. Le processus de recapitalisation doit être lancé. La SNCF est sollicitée à hauteur de 130 M¤ environ. Les autorités de la concurrence donneront leur avis. S'engageront ensuite la procédure des départs volontaires, ainsi que l'application du plan de sauvegarde de l'emploi.