La compagnie trouve ses origines en 1970 lorsque le groupe norvégien Leif Hoegh s'associe à un autre spécialiste norvégien du transport ro-ro, le groupe Ugland, pour former HUAL (Hoegh Ugland Auto Liners). Cette société se développe sur les marchés mondiaux et jette ainsi les bases du réseau actuel. En mars 2000, Hoegh devient le seul propriétaire de HUAL... qui va se muer en 2005 en Hoegh Autoliners.
En janvier 2008, Hoegh Autoliners a fait l'acquisition des douze car-carriers exploités par le groupe danois AP Moller-Mærsk, cette dernière compagnie devenant partenaire de Hoegh au sein de Hoegh Autoliners (APMM détient 37,5 % de Hoegh Autoliners).
Hoegh Autoliners figure dans le peloton de tête des grands transporteurs mondiaux de matériel roulant. La flotte de la compagnie compte environ 70 unités PCTC (pure car truck carriers) dont près d'une cinquantaine en propriété. Les capacités des unités vont de 3 500 CEU (car equivalent unit) à 7 800 CEU. Huit unités sont actuellement en commande; leurs livraisons sont programmées de 2009 à 2011.
Parmi les navires commandés, en figurent deux à réaliser par les chantiers vietnamiens Vinashin. De la « New Horizon class PCTC », ils présentent une conception novatrice pour des rouliers de 7 000 CEU de capacité et bénéficient de plusieurs avancées techniques (dessin de coque optimisé, moteur réduisant les émissions atmosphériques, proue aérodynamique permettant de réduire la résistance au vent, traitement des eaux usées, passerelle fermée pour améliorer la sécurité des opérations, etc.).
Hoegh Autoliners compte également dans sa flotte trois navires spécifiques assurant les transports d'éléments d'Airbus en Europe de l'Ouest, les Ville-de-Bordeaux, City-of- Hamburg et Ciudad-de-Cadiz. Ces unités tournent entre les ports de Hambourg, Cadix, Mostyn, Saint-Nazaire et Bordeaux. Ils sont propriété de la société Fret Cetam, filiale à parts égales entre Hoegh et Louis Dreyfus Armement. C'est LDA qui en assure la gestion.
Sur le plan du réseau de liaisons régulières, Hoegh Autoliners est présent sur tous les grands axes. En sortie d'Europe, la compagnie dessert l'Afrique du Sud, l'Océan Indien et l'Australie, le Moyen-Orient et l'Extrême-Orient (avec également une liaison directe vers l'Extrême-Orient) ainsi que les Antilles françaises, les Caraïbes et les États-Unis. Toutes ces lignes s'arrêtent au port du Havre. Ailleurs, Hoegh Autoliners relie l'Amérique du Nord à l'Afrique de l'Ouest, l'Afrique du Sud et à l'Extrême-Orient, à l'Europe et au Moyen-Orient. La compagnie propose également des services depuis l'Extrême-Orient vers le Moyen Orient, l'Europe, l'Océanie, l'Amérique du Sud et l'Amérique du Nord.
En juillet, le transporteur a ouvert une nouvelle relation entre le Moyen-Orient (Jebel-Ali), le Sous-continent indien (Mumbai, Chennai, Colombo), l'Afrique du Sud (Maputo et Durban) et la Côte Occidentale d'Afrique (Luanda, Lagos...) en connexion avec l'Afrique de l'Est et l'Océan Indien. Hoegh Autoliners exploite également un service de distribution de véhicules et matériel roulant dans les Caraïbes (avec une desserte de ports comme Degrad des Cannes, Georgetown, Port of Spain, Rio Haina, Kingston, etc.), une liaison connectée à la fois sur celle venant d'Europe du Nord et à celle issue d'Extrême-Orient.
En matière de terminaux, la société a acquis 30 % dans le Maputo Car Terminal, au Mozambique. Cette installation, développée par le groupe sud-africain Grindrod, présente l'avantage d'être située à seulement 450 km de Johannesbourg. En première phase (réalisée), le Maputo Car Terminal présente une capacité de 57 000 véhicules. Deux autres phases de développement sont prévues, la capacité finale du site étant de 250 000 véhicules. Sur le port du Havre, Hoegh-Autoliners est également l'un des quatre opérateurs sur le terminal roulier (parc véhicules de 3,3 ha plus une partie en bord à quai de 1,7 ha).
Les navires de Hoegh Autoliners sont en mesure de transporter de nombreux types de frets : les véhicules bien sûr, mais aussi toutes les catégories de camions, matériels de travaux publics, etc. Les marchandises statiques peuvent être embarquées avec des remorques Mafi 20 et 40 pieds et dispose également d'une flotte de 60 pieds récemment acquise. En France, Hoegh Autoliners dispose d'une agence à Paris ainsi que d'une implantation portuaire au Havre. Cette dernière est en charge des opérations des navires et dispose des surfaces dédiées au Centre roulier du port du Havre.
En 2008, Hoegh Autoliners a transporté environ 2 M CEU et a réalisé 3 100 escales dans les ports. La crise qui secoue l'économie mondiale n'est pas sans effet sur les volumes à transporter. Aussi, Hoegh Autoliners mise avant tout sur la qualité de service, développe des relations toujours plus étroites avec les clients et propose également de nouvelles dessertes et connexions.