Pour sa part, la Nippon Yusen Kaisha débute ses activités dans les mêmes années que MOL : la compagnie est officiellement fondée le 1er octobre 1885. Elle ouvre dans la foulée plusieurs services réguliers entre le Japon et la Chine, les Philippines et plus tard, l'Inde. C'est en 1896 que NYK met en place des relations avec l'Europe, l'Amérique et l'Australie.
Comme toutes les grandes compagnies mondiales, NYK ouvre son premier service conteneurisé en 1968. Il relie l'Asie et la Californie. Plus proche de nous, c'est en 1996 que NYK rejoint la Grand Alliance, alors composée de Hapag-Lloyd, OOCL, MISC et P&O-Nedlloyd (cette dernière, acquise par Mærsk quittera l'alliance en 2006). Aujourd'hui NYK est l'un des grands transporteurs mondiaux. Avec Hapag et OOCL dans le cadre de la Grand Alliance, il est présent sur les grandes liaisons Est-Ouest. La compagnie participe également à toutes les autres grandes lignes mondiales (Asie/Afrique du Sud, Asie / Amérique du Sud, etc.). Comme K-Line et MOL, le groupe est également impliqué dans le transport de vracs liquides et solides, celui de voitures, etc. NYK est également très présent dans le secteur logistique avec 336 centres répartis dans 36 pays différents. Les activités logistiques de NYK sont exercées à la fois comme NYK Logistics et Yusen Air and Sea Service. En ce qui concerne la France, Yusen Air and Sea compte cinq implantations, tandis que NYK Logistics est installé à Lyon.
Un quatrième armement japonais intervenant dans le secteur du transport de conteneurs, Kambara Kisen, une société qui intervient essentiellement dans le secteur intra-asiatique. Kambara Kisen exploite de nombreuses liaisons entre le Japon et la zone Corée/Chine, mais aussi avec le Sud-Est Asiatique (Vietnam, Malaisie, Singapour, etc.). Kambara Kisen fait partie du groupe Tsuneishi.