Adopté le 6 avril, le projet stratégique 2009-2013 du GMPB ambitionne de traiter 10 Mt pour retrouver son niveau des années 80. Plus de 98 M¤ sont prévus comme investissements pour atteindre cet objectif avec la participation de l'État (21,2 M¤) ainsi que de l'Europe et des Collectivités territoriales (28,5 M¤). « Soit quasiment le double de ce qui est engagé habituellement sur une même période par le port », précise Julien Bas, directeur d'exploitation au GPMB. À charge cependant de convaincre les collectivités locales de suivre le port dans cet ambitieux business plan. Plus de la moitié de ce budget sera consacrée à l'optimisation de l'outil portuaire et plus de 30 M¤ au développement et à l'aménagement du domaine.
Parmi les chantiers « phare », les pétroliers attendent avec impatience la modernisation de l'appontement 511 sur le terminal d'Ambès (7M¤) pour accueillir des navires plus grands et en toute sécurité. Les manutentionnaires, eux, se réjouissent d'avoir été entendus pour le renforcement des quais sur Bassens qui permettra d'utiliser des grues mobiles (5 M¤). Sur Bassens, est également prévue la valorisation industrielle de la forme de radoub. Autre priorité : garantir les accès nautiques du port avec un chantier d'envergure sur la passe ouest à l'entrée de l'estuaire (6 M¤). Les dessertes terrestres d'Ambès feront de même l'objet d'améliorations. Dans le cadre du report modal, la mise en place de dessertes ferroviaires sera encouragée, même si le mode ferroviaire est aujourd'hui davantage un concurrent de transit du port, qu'un mode d'approche de ses terminaux. La traction ferroviaire longue distance au départ de Hourcade vers Le Havre et de Marseille capte par exemple près de 20 % des volumes de l'hinterland du port de Bordeaux. Côté fluvial, le port travaille par ailleurs sur un projet de récupération de mâchefers et sur le transfert de céréales entre le Médoc et la rive droite. Il espère enfin une montée en puissance du transit de l'A 380 via la Garonne. En 2008, seuls deux avions ont été transportés et une douzaine en 2009, Airbus accusant un retard de 5 ans sur ses prévisions. Au vue des difficultés économiques d'Airbus, le projet de réception de l'A 350 sur l'avant-port ne verra sans doute pas le jour.
Enfin, un dernier projet émerge de ce plan stratégique, la volonté de créer un terminal granulat sur le site de Grattequina à Blanquefort. Retardé en raison de la crise touchant les opérateurs spécialisés dans les matériaux de construction, un appel d'offres devrait prochainement être lancé par le GPMB. Le curseur de l'investissement ne semble pas encore réellement fixé. Dans son projet stratégique, le port annonce un budget de 7 M¤ pour améliorer le site, mais selon la directrice générale du port de Bordeaux, « ce sera sans doute moins un investissement portuaire qu'un investissement privé ». Plusieurs opérateurs avaient signifié leur intérêt pour réaliser de l'import de granulats sur cette zone permettant de desservir toute la partie nord-ouest de la communauté urbaine. Sur ce terminal, le port étudie en parallèle la possibilité de proposer à des nouvelles industries qui s'implanteront sur l'Ecoparc de Blanquefort une porte de sortie maritime pour des colis lourds, par exemple des pales d'éoliennes.