Comme aux plus beaux jours de la compagnie publique, une minorité syndicaliste de la SNCM et de la CMN, représentant moins de 10 % des effectifs suivant les directions, est parvenue à paralyser pendant six jours le trafic sur la Corse et l'Algérie. Laissant le champ libre à la concurrence de la Corsica Ferries et de Moby Lines. Le très remuant Syndicat des travailleurs corses (STC) avec la CFTC et la CFDT n'entend pas emprunter l'autoroute de la mer sans « biscuits ». Dans le cadre d'un appel à projets européen qui doit être déposé d'ici le 15 novembre, les deux compagnies marseillaises étudient depuis plusieurs semaines la possibilité de créer une filiale commune, à parité, « destinée au développement et à la reconquête de positions commerciales », c'est-à-dire l'ouverture d'une ligne d'autoroute de la mer « par l'affrètement d'un navire dédié à une ligne reliant Toulon, la Corse et l'Italie ». Le risque d'être absent d'une telle compétition est de voir apparaître des Compagnies « ayant un standard social bien différent qui ne contribuent pas à l'emploi de salariés ou de marins locaux ».
Malgré les garanties apportées d'entrée par les deux directions, utilisation d'un navire sous pavillon français 1er registre, priorité d'emploi pour les marins des deux Compagnies, s'ils venaient à en faire la demande, et un accord précisant ces engagements avec la CGT, syndicat majoritaire dans les deux entreprises, le STC a fait de la surenchère. En prenant connaissance de l'accord final intervenu entre les syndicats minoritaires et les directions au bout de dix heures d'âpres discussions le 13 octobre, on ne trouve pas grande différence avec le principe initial. Il prévoit que les salariés des deux compagnies ne seront pas obligés de travailler dans la future filiale et qu'ils conserveront leur statut et leurs acquis sociaux s'ils décident de la rejoindre, a expliqué Alain Mosconi, le leader de la STC.
Alors une grève pour rien ? Outre la crainte d'emprunter des voies nouvelles, on a prêté à la STC des buts détournés. « Cette grève sert de tremplin médiatique pour d'autres causes que l'intérêt commun des entreprises, de ses clients et de ses salariés », n'avaient crainte d'analyser les directions des deux compagnies en plein conflit. Quatre marins corses de la SNCM, membres du STC, doivent comparaître les 19 et 20 novembre à Marseille pour avoir détourné en 2005 un navire de la compagnie dont ils dénonçaient la privatisation. En attendant, une chose est certaine. Les relations entre les différents syndicats des compagnies ne seront pas sorties apaisées du conflit.