Le premier axe consiste à « conduire les projets de développement des trafics en favorisant le report modal ». L'objectif est d'atteindre les 10 Mt annuelles à partir des années 2013-2015. Il s'appuie sur les futurs terre-plein de La Repentie, où un polder de 35 ha va être réalisé. La construction de la digue de 1 500 m qui doit délimiter cet espace doit commencer courant 2010. Cette digue va partir du nord du nouveau terre-plein de l'Anse Saint Marc pour finir à la hauteur de l'extrémité nord du port. Cet espace sera rempli avec les déchets inertes du BTP sur plusieurs années.
Le deuxième aspect de ce premier axe est la réalisation d'un « mode ferroviaire adapté aux trafics massifiés ». « Une attention particulière devra être portée sur l'infrastructure ferroviaire, notamment sur la liaison avec le réseau ferré national. » L'avancement de ce dossier a reçu un sacré coup de pouce avec le plan de relance de l'économie. Le port a décidé d'utiliser les 5 M¤ dont il dispose pour la réfection d'un nombre important de voies à Chef de Baie, au Môle d'escale, à La Repentie. 80 % de ces travaux doivent être terminés avant la fin de l'année.
Le deuxième axe est le renfort de la compétitivité. Il s'agit d'offrir des « solutions de pré-post acheminement alternatives aux opérateurs, notamment pour faire face à l'accroissement des trafics sur l'anse Saint Marc. Il est essentiel de développer la capacité ferroviaire. » Fret SNCF et le port mènent actuellement une étude pour la création d'un opérateur ferroviaire de proximité qui aurait vocation à travailler au niveau de la région. La proposition de base pourrait être la suivante : une offre « tapis roulant », 4 nuits par semaine entre La Rochelle et Saint-Pierre des Corps, 12 trains « prêts au départ » hebdomadaires. L'idée est de favoriser le transfert modal pour les trafics en développement.
Le troisième axe consiste à « favoriser la gestion prévisionnelle des emplois et des compétences ». Les nouvelles missions du port, le transfert de l'outillage et de son personnel, la mise en place d'une nouvelle gouvernance « impliquent une adaptation de l'organisation des services ainsi que la réorientation de certaines fonctions ». Le port envisage de développer certaines mission, comme la capacité d'analyse et d'études des marchés, le domaine environnemental, la communication interne et externe et le domaine ferroviaire (toujours lui). Dans ce dernier domaine, le port attend beaucoup d'un projet qui ne dépend pas de lui, c'est le contournement ferroviaire Nord. Actuellement, l'unique ligne SNCF qui dessert le port passe par le centre ville. La ville souhaiterait récupérer cette ligne pour y faire passer des trains à passagers. La solution est de créer une nouvelle ligne passant par le nord de l'aéroport et rejoignant la ligne La Rochelle-Nantes. C'est un projet important mais compliqué puisqu'il passe dans une zone urbanisée.
Le quatrième axe est la poursuite de la rationalisation de la gestion. L'idée est de définir une politique tarifaire pluriannuelle. Enfin, dernier axe, le développement d'une conduite sociétale des activités du port. Trois enjeux ont été définis, économiques, environnementaux et sociaux. Le premier correspond à deux objectifs : performance des prestations et éthique des affaires. Pour le deuxième, le port doit tenir compte des grandes questions actuelles : énergie et climat, eau et air, les sols et les déchets, le paysage et la biodiversité. Le troisième enjeu se subdivise en deux axes, relation employeur-salariés (dialogue social, conditions de travail, santé, sécurité, formation) et relation à la collectivité pour intégrer le port dans la ville, l'agglomération et la région. Vaste programme.