Ports départementaux appartenant au conseil général de Charente Maritime, Rochefort et Tonnay-Charente sont gérés par la Chambre de commerce de Rochefort et de Saintonge. Ils ne forment désormais qu'une seule entité portuaire, répartie sur deux sites. Celui de Rochefort est constitué d'un bassin à flot accessible depuis la Charente par une écluse. Il dispose de sept postes à quai et est desservi par le rail. La longueur maximale des navires accueillis est de 120 m pour une largeur maximale de 16,50 m et un tirant d'eau de 6,50 m. L'outillage portuaire comporte sept grues automotrices de 6 à 40 t, dont quatre ont moins de six ans. Le port est à 12 milles de la mer, ce qui représente 3 heures de pilotage dans les méandres de la Charente depuis le pertuis d'Antioche. La station de pilotage commune à La Rochelle et Rochefort est à La Pallice.
Le port de Tonnay-Charente est à quelques milles en amont. Il dispose de deux postes à quai et deux postes d'attente. Sur ce quai, deux grues auto-motrices de 6 à 8 t de capacité sont installées. Ce quai est actuellement peu utilisé, uniquement pour le charbon (un bateau en 2009). Il ne dispose pas de terre-plein suffisant pour le stockage de marchandises. La fréquentation des camions qui doivent passer par le centre ville de Tonnay-Charente provoque des tensions avec les riverains. Le projet de route portuaire passant par l'arrière du terrain de la Sica Atlantique et celui de Timac, l'usine d'engrais, est au point mort.
En aval du quai public de Tonnay, la Sica Atlantique utilise un quai installé juste en face de son silo de 20 000 t. Le portique de chargement est quasiment neuf, installé après la tempête de 1999. Il a une capacité de 600 t/heure. Ce quai reçoit également les sabliers qui se branchent à un pipe line pour le déchargement du sable en arrière zone.
Fin 2007, la concession de la chambre de commerce sur le port de Rochefort expirait. Le conseil général a reconduit cette concession pour 14 ans de façon à faire coïncider celle-ci avec la concession de Tonnay-Charente. La CCI s'est engagée à réaliser un certain nombre d'investissements sur le port, avec un plan pour les dix ans à venir. Les travaux ont commencé par la réfection du hangar 4 (1 000 m2). En 2009, d'autres travaux sont programmés. Il s'agit de la réfection des terre-pleins portuaires, de la mise aux normes des réseaux d'assainissement des eaux pluviales et des eaux usées sur le port. L'achat de deux grues est prévu dans le plan, mais les difficultés rencontrées par le port en 2009 pourrait provoquer un retard de ces acquisitions. Le plan d'investissement de la CCI est de 4,5 M¤ sur 10 ans.
Le conseil général a effectué de gros travaux en 2007 et 2008 avec le changement du pont tournant de l'écluse et le remplacement des portes amont. Les portes aval ont subi une simple réfection. Le coût total du chantier a été de 6,7 M¤.