La seule exportation de céréales effectuée par Bayonne concerne le maïs. La campagne 2008-2009 a été moins bonne que la précédente. « Le début de la campagne s'est très bien passé, indique Gérald Parreno, de Maïsica, l'opérateur portuaire. Jusqu'en février et mars, les tonnages ont dépassé nos prévisions. Ensuite les volumes se sont dégradés et, non seulement l'avance a fondu, mais nous avons environ 10 % de retard par rapport à la campagne précédente. »
À la mi-juillet, la campagne de maïs qui se termine fin août, permettait de prévoir un tonnage total entre 420 000 et 430 000 t. L'exportation est devenue plus difficile au second semestre. « Deux éléments expliquent cette situation, constate Gérald Parreno. Le marché espagnol a été plus important cette année. Les expéditions sont effectuées par camions et ne passent pas par la mer. C'est donc autant de perdu pour nous. Ensuite l'usine de bioéthanol de Pardis, près de Pau, a été mise en route. Cette usine utilise 500 000 tonnes de maïs. Une partie de ce tonnage, il est difficile de dire lequel, nous a échappé. »
Les principales destinations des exportations de maïs sont l'Irlande, la Belgique, l'Allemagne, l'Europe du Nord en général.