Le positionnement du port de Rouen constitue l'un de ses atouts majeurs. De par sa situation à l'intérieur des terres, il permet de réduire sensiblement les trajets terrestres des marchandises, s'inscrivant ainsi pleinement dans la démarche environnementale nationale. Les possibilités offertes par les moyens alternatifs à la route, en particulier la voie d'eau, s'inscrivent dans le même sens. Le projet d'amélioration des accès maritimes du port est appelé à conforter encore cette position en permettant au port d'adapter sa configuration à l'évolution de la taille des navires. « Les exportations de céréales, les importations de granulats, les vracs liquides énergétiques et les conteneurs apparaissent comme les axes prioritaires du développement des trafics du port de Rouen », souligne le projet stratégique du Grand port maritime de Rouen, adopté le 17 avril par le Conseil de surveillance. Plusieurs de ces trafics auront besoin pour poursuivre leur développement des nouvelles caractéristiques du chenal rouennais.
La logistique se développe de manière soutenue sur des terrains dédiés comme la zone Rouen Vallée de Seine Logistique. Aujourd'hui le port se prépare à ouvrir une nouvelle zone à la commercialisation.
En matière de trafics, le port de Rouen est présent sur plusieurs segments d'activité. Les vracs liquides, et en particulier les produits pétroliers raffinés, ont toujours occupé une place significative à Rouen : le premier pétrolier installé à Rouen, la société La Luciline, remonte à 1868 ! Aujourd'hui, ce pôle comprend deux raffineries et plusieurs sociétés de stockage. Les vracs solides constituent -comme pour les vracs liquides - un secteur d'activité de tout premier plan. Les céréales sont depuis le début des années 1960 l'un des produits phare du port. Avec plus d'un million de tonnes de capacités de stockage, Rouen s'est positionné au premier rang en Europe pour les exportations de céréales. Avec une moyenne de 6 Mt au cours des dernières campagnes, le port estime pouvoir faire mieux dans les années qui viennent, grâce au développement des liaisons avec l'arrière-pays (tant via la voie d'eau que par le fer). D'autres trafics de vracs sont également fortement implantés, comme les granulats : ils devraient eux aussi connaître des développements significatifs en raison d'une diminution régulière des extractions réalisées dans la vallée alluviale.
Rouen est également un acteur des trafics de marchandises diverses. Conteneurs, produits forestiers, marchandises ensachées, produits métallurgiques, etc. sont les principales classes de marchandises traitées. Sur le segment des conteneurs, la logistique rouennaise s'est beaucoup développée, traitant à la fois des trafics réalisés en direct avec les lignes régulières escalant à Rouen (Afrique de l'Ouest, Maroc, Antilles, Guyane, Irlande, Finlande, etc.) mais aussi des conteneurs arrivant ou partant via des services de barges.