L'application de la réforme portuaire dans la ville qui a été à son origine est plus que laborieuse. En plus de l'affrontement social qui agite les bassins Est de Marseille-Fos depuis un mois et demi, les professionnels marseillais ne cessent de se plaindre de la lenteur avec laquelle la nouvelle gouvernance portuaire s'est mise en place. Au moins deux mois de retard sur la feuille de route fournie par le gouvernement. La composition du conseil de surveillance n'a été officiellement publiée que le 9 janvier alors que l'arrêté était daté du 5 décembre 2008. Réunis en séance constitutive le 23 janvier, ses 17 membres ont désigné Patrick Daher au poste de président et Jacques Truau vice-président. Même contretemps pour le Conseil de développement. Le Préfet a dû longuement arbitrer avant d'établir la liste des 40 membres qui complétait la gouvernance du GPMM. Réunis le 26 février, ils ont élu Marc Reverchon au poste de président.
Mais il reste encore une dernière étape pour boucler la boucle. Alors que Jean-Claude Terrier s'installait à Marseille-Fos le 1er août pour prendre la direction de ce qui se nommait encore le PAM, il a fallu attendre février pour que le décret le confirmant dans son poste de président du directoire du GPMM paraisse. Malgré ce large temps de réflexion, ses deux adjoints n'ont pas toujours été officiellement désignés. Quand ils le seront, il y a fort à parier que l'organigramme de la direction du GPMM sera en même temps bouleversé.
Le transfert des personnels contesté sur les bassins Est
Un avant-projet du plan stratégique, un document d'une soixantaine de pages, a été présenté aux personnels les 13 et 17 février. Les syndicats lui ont aussitôt reproché une approche essentiellement financière ; la CFDT évoquant « un résumé très macro-économique d'une politique d'investissement hypothétique ». La deuxième mouture du document a été remise le 26 février aux membres des Conseils de surveillance et de développement par Jean-Claude Terrier. Ce dernier s'est refusé à donner la moindre information sur un texte qui devrait être adopté par le Conseil de surveillance ce 3 avril. Combien de modifications ou d'amendements comportera-t-il ? En attendant, toute l'attention des observateurs comme des acteurs se focalise sur la partie qui exposera les transferts des personnels d'exploitation vers le privé ou une filiale. La CGT demande un renvoi du déplacement vers le privé sur les bassins Est qui connaissent une hémorragie de trafics depuis deux décennies.