Cette directive contient une définition précise des infractions qui donneront lieu « à des sanctions effectives, proportionnées et dissuasives, qui peuvent comprendre des sanctions pénales ou administratives ». Elle mentionne que les infractions définies dans la directive 2005/35/CE doivent être considérées comme des infractions pénales et punies par des sanctions pénales. Elle imposera aux États membres de faire en sorte que les entreprises puissent être tenues pour responsables des infractions pénales commises à leur profit. Cette nouvelle directive remplacera la décision-cadre 2005/667/JAI « visant à renforcer le cadre pénal pour la répression de la pollution causée par les navires », adoptée en 2005 pour compléter la directive 2005/35/CE. Elle vise ainsi à remplir un vide juridique créé par une décision de la Cour européenne de justice en octobre 2007, qui a annulé la décision-cadre 2005/667/JHA sur la répression de la pollution.
Un directive laisse à un Etat membre une grande souplesse dans sa mise en œuvre. Elle doit être ratifiée dans les six mois après son adoption par les États membres, qui doivent envoyer leur loi de mise en application à la Commission. Celle-ci espère que la nouvelle directive proposée sera adoptée au premier semestre 2008.