De nombreux navires rencontrent des problèmes quand ils rejettent leurs eaux de ballasts en mer. Les autorités n’admettent pas l’argument selon lequel l’équipement du bord ne convient pas.
Souvent, les séparateurs ne peuvent faire descendre le niveau d’hydrocarbures en dessous de 15 parties pour mille (ppm).
En l’absence d’un long nettoyage qui demande du temps alors que les navires manquent de personnel, le taux de 50 ppm est rapidement atteint. Ce taux est en général facilement caché en court-circuitant le séparateur et en falsifiant le journal de bord. De son côté, un grand armement teste actuellement l’emploi de deux séparateurs en série.
Naturellement, les navires peuvent se débarrasser de leurs eaux de ballasts dans les ports disposant d’installations adéquates… mais à un coût très élevé pour leurs armements. Selon le port de Rotterdam, 10 % des navires y faisant escale utilisent ses installations et déchargent souvent leurs eaux de ballastage dans d’autres ports. En conséquence, sa société de gestion Havenbedrijf Rotterdam a décidé de réduire de 30 % ses tarifs en la matière. Pour les grands navires, ce rabais peut atteindre 1 200 €.