À côté des hangars loués par le Port autonome, certaines entreprises ont leurs propres moyens de stockage. C’est le cas des silos à grain portuaires, avec la Sica Atlantique pour une capacité de 270 000 t et Socomac pour 130 000 t. La Sica s’est lancée dans le projet d’un magasin de 16 000 m2 pour les engrais avec possibilité de faire des mélanges et des big bags. Pour gérer ce nouvel entrepôt, la société Atena a été créée, en partenariat avec la SGMT du groupe Bolloré, déjà opérateur sur les engrais. Ce nouveau magasin sera opérationnel au mois de novembre sur le terre-plein de l’anse Saint-Marc. Une coopérative agricole, Agrinieul, fait construire un silo de 10 000 t sur terrain privé au nord de La Pallice. Elle a, en outre, en projet un nouveau silo de 10 000 t pour 2007.
La Sica Atlantique porte un autre projet, celui d’une unité pilote de biocarburants capable de produire 10 000 t à partir de colza. C’est un dossier déjà bien avancé qui pourrait déboucher sur une production de 100 000 t annuelles. À terme, ce projet aura un impact sur la logistique portuaire. La Sica travaille en partenariat avec la société Picoty, un des trois pétroliers présents sur le port. La capacité totale de stockage de produits raffinés est de 453 000 m3 entre Picoty, société du dépôt de La Pallice et Total. Le cuves sur terrains privés sont reliées à l’appontement pétrolier par trois oléoducs.