Le Port autonome de La Rochelle est intégré à un programme européen baptisé Interreg IIIB. Ce programme communautaire a été mis en place par la Commission "pour un développement harmonieux, équilibré et durable du territoire européen" portant sur la période 2000/2006. L’objet de ce programme est de créer un partenariat entre des ports européens de petites et moyennes tailles "en vue de participer de manière active à la politique européenne des transports visant à développer des alternatives au transport routier. Cette participation doit se traduire par la proposition d’un maillage maritime visant au développement des systèmes de transport assurant une mobilité durable."
Le port de La Rochelle est impliqué dans deux dossiers: Atmos, espace Atlantique, et Placa, espace sud-ouest Atlantique.
Le Comité de pilotage de ces deux dossiers se réunissait à La Rochelle les 2 et 3 mars. Y participaient: les ports de Gijon, l’entité publique des ports de Galice, le port d’Algésiras et les ports d’Andalousie pour l’Espagne, l’administration des ports du Douro, les ports de Leixoes et de Sines pour le Portugal et le port de Cork pour l’Irlande.