Marseille-Fos entretient depuis longtemps des relations privilégiées avec le Maghreb et les services vers l'Algérie, la Tunisie, le Maroc mais aussi la Libye sont nombreux, tant en fret qu’en passagers. La nouvelle gare du Cap Janet, attendue ce mois-ci, devrait fluidifier le trafic.
L'Algérie est le pays du Maghreb qui génère le plus grand nombre de services avec le port de Marseille-Fos. Selon Fatiha Jauréguy, cheffe du département commercial du Grand Port maritime de Marseille (GPMM), sur les onze services reliant les deux bassins du GPMM à l'Algérie en direct et les trois autres desservant le pays en transbordement, "CMA CGM et MSC sont les deux compagnies qui assurent les dessertes les plus fournies".